Biyolojik olarak duygular sağ beyinde bulunur. Kişi yaşadığı bir olayı ve hissettiklerini paylaştığı zaman sağ beyindeki duyguyu dile dökerek sol beyine aktarır. Bu durum duygunun sağ beyinde yaptığı baskıyı azaltır ve yeniden şekillenmesini sağlar ve insanı rahatlatır.
Zamanla yaşantılar sonucu biriken veya aniden ortaya çıkan (travma) duygular sağ beyinde ciddi baskı uygular, bu durumda ruh sağlığını olumsuz etkiler. Bu duyguların bazılarını paylaşmak ve aşmak zordur, uzun bir süreç gerektirir.
EMDR kişinin yaşadığı duygu yükünü en kısa sürede ve en az rahatsızlık verecek şekilde hissettirerek sağ beyinden sol beyine aktararak yeniden şekillenmesini sağlar. Bu göz hareketleriyle olmakla birlikte el hareketleriyle de yapılabilir.
Korkular başta olmak üzerek, olumlu yaşantıların sağlanması, sınav stresinin azaltılması gibi alanlarda da kullanılır.